一作的两篇Sci中的第二章节（理论部分）几乎完全相同，算不算学术不端?

这个是学术不端。查重率只是一个参考数字，国内目前对这个过于看重，通常认为查重率在某个数值以下就不涉及抄袭。实际上，如果是大段复制并且没有规范引用，都是学术不端。由于存在对查重率的过度看重，很多国内的论文因为这个被撤稿。

大段复制文字，如果标记了引用符号，并且引用了对应的文献，那么就不算学术不端。按照这里的说明，是理论介绍部分出了问题，所以很可能是没有正确引用，或者作者没有意识到需要引用，以为没有问题，实际上是有问题的。有时候，论文写作时间比较接近，作者可能为了省事，就直接复制了一段，后面没有纠正过来。

稳妥的办法之一是在最后一轮修改之前自己查重，把涉及大段文字复制的部分重写。当然，最好的办法是每次写都是重新写作，这时可能会由于写作习惯，在方法之类的小节里有个别句子重复，对于这种情形，也可以在校对前进行修改。

补充，可以查如下数据库：Retraction Watch Database

，会发现很多论文是因为这个原因撤稿的：Plagiarism of Text。