科研大牛们怎么读文献？

直博四年级，自认为读了一些文献，答一波。

我们实验室有个传统，每周一组会上，一年级新生需要把上一周 CNS 中跟生物相关的研究文章以及封面（哪怕非生物的也要讲）都讲一遍。研一一年的主题基本就是看文献，讲文献。Nature 和 Science 是周刊，分别是北京时间周四凌晨和周五凌晨更新，每周都有与生物相关的文章，通常加起来 5~10 篇不等吧；Cell 是两周刊 (Biweekly)，每两周的周四更新，所有的文章都跟生物相关，但还好只讲研究文章，每期都超过 10 篇。因此每周研一新生的工作量在 2~3 天（只有周末了）内看完至少 15 篇 CNS 文章，并做好 PPT，下周一组会上讲解。唯一的安慰可能是，老板每年招两个人，我可以跟另外一个小伙伴轮换着讲，这周我讲，下周他讲；或者这个月我讲，下个月他讲。

前段时间老板让我给新来的师弟师妹做个论文讲解的示范，我在 3 天内快速浏览了 28 篇 CNS 文章，并做了一份 50 页的 PPT。在看文献的时候，我就在想，如果我是读者，我看到文章标题后，我想知道什么？我是这篇文章作者的话，我该如何向别人介绍我的工作？那一周的 28 篇 CNS 文章的讲解见：https://mp.weixin.qq.com/s/I09uczjOblvaM9X0ac6bBQ。PPT下载地址：https://pan.baidu.com/s/1WeLPHsaja50NjbgFZWv9Uw，提取码：ds7n。

正如我此前提到的一样，拿到一篇文献后，不妨先问自己几个问题：（1）这篇文章属于什么领域或方向？（2）解决了什么问题？为什么这个问题这么重要？（3）使用了什么方法和模型？为什么这个方法可以解决这个问题？（4）核心结论是什么？下一步还可以怎么做？

（1）这篇文章属于什么领域或方向？

纵向来看，生物过程包括个体层面、组织器官层面、细胞层面、分子层面以及原子层面等。横向切分，这个过程属于什么范畴，比如表观遗传学、免疫、神经生物学、发育生物学等。现阶段的文献，分子层面的机制偏多。由中心法则延展开来，分子无非 DNA、RNA 和蛋白质，这些分子的排列组合起来参与一些特定的过程，比如 DNA 复制、DNA 转录、RNA 翻译、RNA 修饰、组蛋白修饰、非组蛋白修饰等等。当然还有染色体整体层面出发的，比如染色体高级结构调控等。

在大脑里面，先得有一个宏观的概念，知道这篇文章在生命科学的位置。其次，需要知道这篇文章所属的细分领域。完成这一步，确实需要经验积累。我本科制药工程，研究生转到表观遗传学，此前根本没听过表观遗传学，也没学过分子生物学和细胞生物学，更不谈结构生物学、生物信息学了，于是所有的都得重新开始。

从研一开始，我就用最笨的方法，每次读文献，发现一个新的研究方向或主题，我就会单独建一个文件夹，此后所有相关的文献都一一归类；如果下次又读到新的文献，发现它不属于目前的任何主题，于是就又新建一个。

这只是大的目录，然后里面随便点开一个文件夹，比如很火热的【RNA修饰&二级结构&编辑】，可以看到：

其实，归类的过程也是慢慢消化和整理的过程。尽量让读过的文献逐渐融入自己的知识体系，而不是读过就读过了。当文献是孤零零时，你很难记住成千上万个孤零零的知识点；但是一旦成为体系，就更容易记住了，此为内化。

（2）这篇解决了什么问题？为什么这个问题这么重要？

我老板经常在组会上问我们的一个问题是，这篇文章为什么能发在 CNS 上？如果这个问题能回答清楚，其实文章基本上也就消化了。

能发在 CNS 上的研究每一篇都有故事，我们需要挖掘这背后的故事：有的是困扰学术界几十年的难题，今天终于获得解答，比如施一公他们关于剪接体结构的解析；有的是颠覆人们认知的新发现，比如此前人们认为，脑中没有淋巴管，但 2018 年 8 月 9 日的 Nature 封面文章就报道，在大脑中清楚地观察到了脑膜淋巴管；还有的是让几十年的争论尘埃落定，比如终于发现了引力波。

在文章的第一句，作者通常就会说明自己为什么要做这个研究，以及这个研究为什么这么重要；而且会在文章的第一段或者第一部分进行详细的说明，多花时间思考这个问题远胜于你花时间弄懂每一幅图说什么。

（3）这篇文章使用了什么方法和模型？为什么这个方法可以解决这个问题？

对于 Nature 的 Articles、Science 的 Research Articles 以及 Cell，每一部分都有小标题，快速浏览后，我们可以知道这篇文章分为几个部分，每个部分作者打算做什么工作。对于 Nature 的 Letters 和 Science 的 Reports，不妨先看每一段的第一句话，就可以知道该部分要做什么。

带着问题读文献，效率会很高。

（4）核心结论是什么？下一步还可以怎么做？

文章的核心结果都在图里面，这个时候可以去看图了，这个图证明了什么，为什么能支持这个结论。如果你是这个研究方向的，那么最后很有必要看 Discussion 部分，作者会对文章的核心观点做一个回顾，并且会讨论下一步的计划，具有一定的启发性。

其实哪怕我现在博士四年级，我也依然会碰到自己此前从来没接触的研究主题，但相比一年级，这种事情发生的概率要低得多。万一碰到自己不熟悉的，尤其是方法学的开发，会非常晦涩难懂，而且尤其对于 Nature 和 Science，其篇幅是有规定的，因此要求作者极度凝练。碰到这种情况，不妨把摘要和 Introduction 部分多读几遍，读不懂反复读，亲测非常有效。书读百遍其义自见，文献亦然，古人诚不我欺也。

其他小 tips:

1. 对于不懂的概念，用视频和图片帮助消化。直接在 YouTube 等视频网站，Google、Bing 等输入关键词，找到解读视频或模式图，会极大地帮助消化；
2. 对于陌生的领域或主题，建议先看综述帮助建立一个基本的认识，而且一开始不妨看中文综述，知识没有高低贵贱，也有很多中文综述写的很好的；
3. 在文献阅读过程中，留意科学史，注意科学问题的延续性。比如这几年非常火热的相分离（phase seperation），你自己画一条时间线，哪一年谁最先发现这个现象，哪一年谁做出了关键突破。自己尝试写一个简短的综述，熟悉经典的工作以及行业的大牛，今后读起来会觉得：哦，这篇文章的作者是“老熟人”，他之前做出过什么重要的工作……
4. 软件方面，可能不少小伙伴会选择使用思维导图软件，我只用过 MindMaster，可以帮助梳理思路；我自己最常用的软件是「幕布」，非常轻便的结构化笔记整理软件，可以一键生成思维导图，还可以在多个平台上进行实时同步，导出的格式也很多，安利一下~

Anyway，文献是科研的重要组成部分，祝福小伙伴享受阅读文献，享受科研啦~

大家【收藏】的时候可以动动小手【双击屏幕】么？哈哈哈～