所以《我不是药神》里究竟是谁错了？
伟大领袖曾说如果你觉得局势很混乱，就是你没有抓住主要矛盾。
在复杂的事物的发展过程中,有许多的矛盾存在，其中必有一种是主要的矛盾，由于它的存在和发展规定或影响着其他矛盾的存在和发展。
——毛泽东《矛盾论》
《我不是药神》中的主要矛盾是什么呢？是正版药和走私药的冲突。正版药代表的是什么呢？是法律规定！与之对应的，走私药代表的是人间疾苦。当法律规定和人间疾苦产生冲突时，究竟谁对谁错？这就是这部电影的主要矛盾。
《庄子》讲过一个有趣的寓言：
有人问盗跖大王：做强盗头子也要讲究行为准则吗？
盗跖回答说：干什么事情不需要行为准则呢？制定合理的目标，这叫圣明；带头动手，这叫勇敢；勇于断后，这叫义气；判断行动的时机，这叫智慧；分赃做到公平公正，这叫仁爱。以上五种不具备一种，却能够成为头目的人，这世上还没有听说过。
故跖之徒问于跖曰：“盗亦有道乎？”跖曰：“何适而无有道邪？”夫妄意室中之藏，圣也；入先，勇也；出后，义也；知可否，知也；分均，仁也。五者不备而能成大盗者，天下未之有也。”
——《庄子•胠箧》
这个寓言出自《庄子•胠箧》，往往被断章取义为强盗也具备一定德行。其实结合《胠箧》全文来看，庄子的意思是世间所谓判断正义的准则不过是人皆可用的工具，在圣人手中可以用来造福苍生，在强盗手中也可以用来为恶一方。你怎么就知道那些掌握着权威的不是谋窃天下的大盗呢？
由是观之，善人不得圣人之道不立，跖不得圣人之道不行；天下之善人少而不善人多，则圣人之利天下也少，而害天下也多。
——《庄子•胠箧》
这就是庄子说：
为了防备小贼，人们用锁柜保护财物，反而方便强盗直接搬走锁柜；为了维持秩序，人们用法律维护权利，反而方便大盗利用法律牟利。
将为胠箧、探囊、发匮之盗而为守备，则必摄缄縢、固扃鐍；此世俗之所谓知也。然而巨盗至，则负匮、揭箧、担囊而趋；唯恐缄縢扃鐍之不固也。
——《庄子•胠箧》
法律规定就是这样一个在好人手中可以为人民谋福祉、在歹人手中也可以谋取利益的工具，不是值得盲目崇拜的权威。违反它的小贼固然难逃制裁，但窃取它的大盗却可以高居人上。
彼窃钩者诛，窃国者为诸侯。
——《庄子•胠箧》
所谓判断事情的对错，无非是看结果和初衷是否一致。法律的初衷本是为了保障人民的生活，但在《我不是药神》中，警察执行法律时却有越来越多的人正在因此受苦。
如果以权威的法律为行事准则都会出错，那这世间还有什么可以作为衡量对错标准的绝对准则吗？有！电影中已经给出了答案——
在老吕病重时，程勇又一次来到印度买药，看到了一副奇异的景象：迎面走来的是云雾中的神明，下面是苦难的众生。他走上前去，警世铃音响起，他看清了神明的真相——是苦难的众生拉动那高高在上的神像前进，是喷云吐雾的骗子在装神弄鬼！
一声不响，二目无光，三餐不食，四肢无力，五官不正，六亲无靠，七窍不通，八面威风，久坐不动，十分无用。在其位不谋其政、食其俸不建其功。
——《咏泥神》
神像代表着法律规定，拉车人代表秩序运行的基础是受苦的人民，吐雾人代表窃用法律的大盗，恶神代表法律的制裁。
程勇不再惧怕张牙舞爪的恶神，转身走进苦难的群众之中。
以人为本改进法律规定，而非以法律规定为准去伤害人民——这就是《我不是药神》的主题。
答主个人的理解难免因学识和阅历的不足存在贻笑大方的浅薄之处，所以抛砖引玉，仅供参考。
更新补充：
怎么评论区很多人说我支持盗版和否定法律。
我在文末承认过我的观点肯定存在一些浅薄之处，如果能被指出来我是受教的。拿我完全没说过的言论批评我，恕不能认可。
一位两位的误解尚能体谅，但如果有很多人产生这样的误解，我觉得还是有必要反思一下是不是我写得不够明白，需要加以补充说明：
所谓形而上学的或庸俗进化论的宇宙观，就是用孤立的、静止的和片面的观点去看世界。这种宇宙观把世界一切事物，一切事物的形态和种类，都看成是永远彼此孤立和永远不变化的。如果说有变化，也只是数量的增减和场所的变更。而这种增减和变更的原因，不在事物的内部而在事物的外部，即是由于外力的推动……和形而上学的宇宙观相反，唯物辩证法的宇宙观主张从事物的内部、从一事物对他事物的关系去研究事物的发展，即把事物的发展看做是事物内部的必然的自己的运动，而每一事物的运动都和它的周围其它事物互相联系着和互相影响着。事物发展的根本原因，不是在事物的外部而是在事物的内部，在于事物内部的矛盾性。任何事物内部都有这种矛盾性，因此引起了事物的运动和发展。事物内部的这种矛盾性是事物发展的根本原因，一事物和他事物的互相联系和互相影响则是事物发展的第二位的原因。这样，唯物辩证法就有力地反对了形而上学的机械唯物论和庸俗进化论的外因论或被动论。
——《矛盾论》
我们可以说古代起义的反贼其正义性并非来源于自身，而是和王朝的腐败程度呈反比。王朝越烂，反贼越正。正版和盗版的关系亦然。不要用简单的对立关系思维为之定性，而要用发展的、运动的思维探究导致盗版出现的原因——如果王朝盛世，谁能鼓动百姓造反；如果用得起正版，谁又对盗版有需求？
正版盗版踩谁捧谁不重要，导致矛盾出现的原因才重要，矛盾既然存在就不能视而不见，遵循原因才能解决矛盾。
然后说一下关于法律：我说的是“法律只是一个工具，不是值得盲目崇拜的权威”，并非否定法律的意义。
工具存在缺陷就改进，改进的标准是什么？自然是根据人的需求。根据人的需求去改进工具，而非让人去适应工具的缺陷。用人本的思维和发展的眼光看待法律，这就是我说的“以人为本改进法律规定，而非以法律规定为准去伤害人民”：
不知道这下能不能解释清楚，又或者越描越黑。不过也不是什么具备专业知识的观点，仁者见仁，智者见智吧。