人们不相信中医的根本在哪里？
根本是，人们素质高了 但还没高到一定程度——大多数人的思维水平停留在初高中至大学的 构造论 的思维中，也就是17世纪下半叶（牛顿三定律出现）至20世纪上半叶（系统科学兴起前）的科学认知水平中（这也是初高中至大学普遍能学到的程度）。
还原论认为，世界是由最基本的物质单元构成的——这没毛病。但是很多人，就和那几个世纪的很多科学家和哲学家一样，自然而然地得出了如下错误结论（构造论）：我们总有一天可以通过微观还原宏观；如果我们还做不到，那一定是科技水平还不够高。
但，还原论并不能推导出构造论，这是物理学界和数学界最晚在上世纪就已经盖棺定论的。（而构造论就是西医一直以来试图发展的方向）
这个推理过程可以从物理学的“三体问题”开始讲起：三个质量相近的球体，仅在各自的万有引力下作运动。已知一个随机的初始条件，求此后任意时刻三颗球的位置和速度。
这个问题已经被庞加莱证明：无解，即，没用解析解的通解，只有数值解，或者说，只能一个一个时间断面地求数值解。
而且，多体问题还有一个更恶心的特性：对微小扰动的敏感性：即，初始条件的微小差距，或者计算过程中的微小数值误差，就会使结果完全不一样。
所以，三体问题尚且无解，更何况人体这10ⁿ体运动呢，更更何况我们不仅需要考虑各个基本粒子间的万有引力，还需要考虑电磁力、强相互作用力、弱相互作用力、化学反应等等……
所以，物理学家早已经认识到了，“还原论（一切系统皆可以还原为最基本的组分）并不能推出构造论（可以从基本组分还原整个系统）”。
也就是说，无论科技水平多高、计算水平多高，都不可能如西医所愿，从基本的人体分子、细胞等，回推出或预测整个人体的状态。
这也是各行各业，包括不限于气象学、社会学、心理学、工程学、地质学等领域，所面临的共同问题，也所以，在上世纪下半页，系统科学应运而生。
传统科学，往往是从微观入手，试图解析宏观。而系统科学，则是从宏观整体入手，向下分一至几个层次（具体层数视需要和精确度而定），每个层次分出一至多个亚系统或基本元素，进而建立模型。
其实这就是中医的思维。它能绕开微观至宏观这一计算的难题，直接在宏观上建立人体的亚系统模型。
——而这种思维方式，是只接受过基本的还原论教育的、脑子里还自然而然地存在着构造论的、知识水平停留在一至几个世纪前的大多数人所不能理解的。
很多人质疑中医的点包括：
1.认为阴阳（广义）学说不科学——但现代中医里，广义的阴阳指事物相对立的双方面的统称。如果你认为马克思主义矛盾论是科学的，那广义上的阴阳的说法就是科学的。
2.认为阴阳（狭义）学说不科学——狭义的阴阳，只是指人体两种不同状态（一种偏亢奋、经常热而非冷、肌肤偏红、脉象偏快等，另一种则相反）的描述，或引申为指“使人处于上述状态的人体物质和结构的统称”（比如“阳盛”、“阴虚”等说法）。
（当然，标准的中医里，阳盛阳虚阴盛阴虚是四种不同的状态，各有更准确的描述，以上仅为了使非业内人士初步理解）
3.认为五行学说不科学——五行（以五脏及其连属的六腑、五体、五官、七情等整个体系），是人体这个系统的五个亚系统。你可以叫它木火土金水，也可以叫它ABCDE，也可以叫它αβγδε，只要五行间的生克等关系未变，那怎么叫它就只是个命名问题。当然如果你觉得木火土金水就很迷信，ABCDE就很正常，而αβγδε就高大上的话，那建议出门左拐约个医生看看。
4.认为古人不可能靠朴素哲学思维就能整出一个靠谱的医学理论体系——设想在没有任何统计学指导的古代，一个人，或者一群人，总结临床经验的方式，无外乎就是，“这个药/理论起作用了，所以我记下来，那个药/理论没起作用，我先扔一边去”，下次再开药，我在上次认为“有用”的药方的基础上，添添减减——这就像生物进化：“这个生物体活下来了，于是ta的基因传下去了，那个生物体没活下来，于是ta的基因就没传下去”。诚然，不是病好了就一定是药的功劳（所以西医选药的方法是随机双盲），也不是病没好药就一定没起效（可能只是起效了但作用不明显最后病人还是挂了），这就和进化论中描述的一样：不是每个传下基因的个体都一定是最强壮的，也不是每个强壮的个体都能传下基因。
但在时间的魔力下，在迭代了数十万年后，物种就会产生整体性的进化，正如经历了两三千年、经百万千万次迭代后的中医，就会发展出一个靠谱的体系——这就是进化算法的威力。
而且，这种进化算法不仅能对各个方子进行进化，还能对一整个理论体系进行进化。从黄帝内经到现在，很多当年的内容，其实说是“经典”，其实现代人已经很少再用到了，真正还在用的那时候的理论只是一部分而已。
5.认为中医术语不能解释——做为一种整体建模下的黑箱理论，中医很多术语的确不需要解释，只需要1.诊断标准，2.治疗标准。只要使1.2.能对应上，你叫它什么名字反而无所谓，起名，无非是希望能更顾名思义、对其对应的症状更具有概括性一些。
6.认为中医术语没有精确定义——系统科学中，各亚系统/基本元素的边界确实很多情况下是没有明确边界的，在复杂性系统中尤其如此。这种边界是模糊的，是渐变的，但不妨碍学过的人是能理解其大概意思。
比如说，痛，有剧痛 锐痛 刺痛 钝痛 隐痛 空痛 等等，虽然你可能说不清每个词语具体的含义，但是总不妨碍你能区分出其中差异大的那些（比如钝痛和刺痛）。
当然，如果你没有系统学过，那我也没法向你精确解释某些术语的含义，就像没系统学过语言的孩童也不可能完全凭别人讲就能理解大量词语，而是还是要在日常生活中的语境里不断自己感受。
7.认为中医理论的诞生过于依赖于专家的说辞——但系统科学恰恰反驳了传统科学中忽视专家经验、忽视潜意识灵感、忽视靠专家经验和潜意识灵感建模的方法论。
8.顺便系统科学还反驳了传统科学中一味要求定量、忽视定性的方法论。
最后，系统科学认为，系统科学和传统科学是一对使用“构造论”和“系统论”的矛盾对立统一体，正如重视专家经验/实验数据，重视定性/定量分析等双方面，这些双方面都是科学研究的方法论中不可或缺的，并没有孰优孰劣之分。
所以中西医也是医学研究所不可或缺的双方面。
虽然很多中西医工作者已经在实践中认识到了彼此的重要性，但还未上升到理论的高度。反而是很多物理学和系统科学的工作者看到了这一点。
以上。